（1）有机肥所含养分不是万能的 

有机肥所所含养分种类较多，但所含养分并不平衡，从而不能满足作物高产优质的需要。 

（2）有机肥分解较慢，肥效较迟 

有机肥分解较慢，肥效较迟，在有机肥用量不是很大的情况下，很难满足农作物对营养元素的需要。 

（3）有机肥需经过发酵处理 

许多有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，或者有的有机肥含有不利于作物生长的有机化合物，因此生粪不能下地。 

（4）有机肥的使用禁忌

 腐熟的有机肥不宜与碱性肥料和硝态氮肥混用。