西葫芦种子表皮上常附有多种病原菌，带菌的种子播种后，会导致幼苗或成株发生病害，所以播种前须进行消毒。常用消毒方法有：

干热消毒：该方法有良好的消毒作用，尤其是浸入种子内部的病菌和病毒有独特的消毒效果。方法是将干燥的种子放在70℃的干热条件下处理72小时，然后浸种催芽。处理时种子含水量要低，升温、降温要慢，并且要密切温湿度的变化，否则影响种子的生活力。

药剂消毒：方法很多，其一，用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1小时；其二用种子重量的0.3%的福美双液浸种40分钟；其三，用福尔马林浸种30～60分钟。取出后，将种子用清水冲洗干净，然后浸种催芽。

温汤浸种：该方法被广泛应用，不仅可以杀死附在种子表面的病原菌，还能杀死浸入种子内部的病原菌，并有促进种子吸水的作用。方法是用种子体积4～5倍的55～60℃的温水，倒入盛有种子的容器中，并不断搅拌，在浸种容器中放入一温度计观察水温变化，当水温下降时加入热水，使水温稳定在55～60℃，10～15分钟后，不在加入热水，但仍不断搅拌，使水温下降至30℃，停止搅拌，然后在此水温下浸种。

浸种催芽：经消毒的种子放在25～30℃的温水中浸种4～6小时，搓洗种子表面上的粘液，用温水冲洗干净并除去多余水分，稍风干，用干净的湿纱布或湿毛巾包起，放入瓦盆等容器中于25～30℃处催芽，催芽期间每天用温水淘洗1～2次，淘洗后继续催芽。一两天后，芽长0.3～0.5cm即可播种。

抗寒锻炼：越冬栽培为增强幼苗的抗寒性，催芽过程中可将种皮已开裂而胚根尚未露出的种子放在0℃条件下，处理一两天后，置适温条件下继续催芽；也可将萌动的种子放在-2～-4℃的冷冻环境中2～3小时，然后用冷水解冻。再置适温条件下继续催芽。经锻炼的种子，发芽粗壮，幼苗抗寒能力增强，并有早熟增产的效果。催好芽的种子，遇阴天等不能立即播种时，可将发芽的种子置10℃左右低温下控制芽的伸长，待晴天再播。