1.农业防治。选种抗虫品种，合理布局种植，避免混栽桔小实蝇寄主果蔬作物，切断桔小实蝇食物桥梁。清理树上虫果、过熟果实与地上落果，装入不透气的口袋或有盖的塑料桶内，扎紧袋口，盖好盖子，捂死虫卵和幼虫，阻断桔小实蝇繁衍路径。芒果采收后，翻耕果园，撒施生石灰粉，破坏桔小实蝇的越冬场所。2.物理防治。使用桔小实蝇性诱剂、食诱剂、实蝇粘胶板和杀虫灯等药械诱杀成虫，有效减少成虫数量。适时套袋护果减少桔小实蝇发生为害。3.生物防治。释放实蝇茧蜂、黄金小蜂、跳小蜂等桔小实蝇寄生蜂，利用隐翅甲科、草蛉科等昆虫捕食桔小实蝇。在果园中养鸡，让鸡扒食落到地面化蛹的成熟幼虫和虫蛹，同时吃掉虫果、烂果，降低下一代桔小实蝇种群密度。施用5%天然除虫菊素、苦参碱、藜芦碱等生物农药及植物源杀虫剂防治桔小实蝇。