1.选用良种。选用优质、高产、抗病的杂交品种是从根本上防治玉米小斑病最有效的根本措施。同时，做好品种的合理轮换和合理布局。
2.加强栽培管理。在拔节期、抽穗期追施复合肥，促进植株健壮生长，提高植株抗病力。
3.减少菌源:因玉米小斑病是以菌丝体和分生孢子在病株残体上越冬的形式存在，并成为次年玉米发病的初始侵染源，因此，在玉米收获以后，要对田间进行彻底清除，消灭病残体。
4.药剂防治:发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或65%代森锰锌可湿性粉剂500倍液或甲基托布津可湿性粉剂500倍液或75%百菌清可湿性粉剂800倍液喷雾进行防治。从心叶末期到抽雄期，隔7天喷1次，连喷2次-3次。
