基层农技人员在检查中发现农药经营店销售过期农药的处理流程如下：
一、行政处罚措施
1.没收违法所得及过期农药：执法部门会没收经营者的违法所得，并扣押或销毁已过期的农药。
2. 罚款：根据货值金额处以罚款，例如货值不足1万元的罚款2000-2万元，货值超过1万元的罚款2-5倍。
3. 吊销许可证：情节严重的，吊销农药经营许可证。
二、法律依据
依据《农药管理条例》第四十五条，超过质量保证期的农药按劣质农药处理，经营者需承担行政责任。构成犯罪的，移送司法机关追究刑事责任。
三、环保处置要求
没收的药剂需由环保部门监督销毁，禁止随意丢弃或出售。
